Eπιστρέφοντας από μια έξοδό του στον κόσμο ο Γέροντας Παΐσιος είπε: «Η αμαρτία σήμερα έγινε της μόδας. Ούτε το δέκα τοις εκατό δεν ήταν εξομολογημένοι από αυτούς που είδα. Εγώ έχω ανάγκη και κάθε μέρα να εξομολογούμαι και αυτοί δεν βρίσκουν αμαρτίες!»

Ο Άγιος Παΐσιος εκινείτο σε άλλον πνευματικό χώρο. Αξιολογούσε διαφορετικά τις πράξεις του. Για τους άλλους εύρισκε πάντα ελαφρυντικά, τον εαυτό του όμως τον έκρινε αυστηρά. Έλεγε: «Τεκμήριο γνησιότητος της πνευματικής ζωής κάποιου είναι η μεγάλη αυστηρότητα στον εαυτό του και η πολλή επιείκεια στους άλλους. Να μη χρησιμοποιή τους κανόνες για κανόνια εναντίον των άλλων».

Έκανε λεπτή πνευματική εργασία, μετανοούσε, εξωμολογείτο και έκανε με φιλότιμο αυτοπροαίρετες ασκήσεις και κανόνες, μιμούμενος τους Αγίους. Ανέφερε: « Όταν έλεγαν οι Άγιοι ότι είναι αμαρτωλοί, το πίστευαν. Τα πνευματικά τους μάτια είχαν γίνει σαν μικροσκόπια και έβλεπαν και τα παραμικρά σφάλματά τους σαν μεγάλα».

Όποιος άκουγε τον Γέροντα να μιλά για τον εαυτό του, θα σχημάτιζε την εντύπωση ότι είναι μεγάλος αμαρτωλός. Ζούσε έντονα την μετάνοια, αλλά μέσα του είχε παρηγοριά και χαρά που ξεχείλιζε.

Η μετάνοιά του ήταν φλογερή, γι’ αυτό αισθανόταν την ανάγκη να εξομολογείται συχνά. Για ένα διάστημα, εκτός των άλλων ασκήσεων έκανε και εβδομήντα επτά κομποσχοίνια τριακοσάρια με σταυρούς. Ζητούσε από τον Θεό συμβολικά την εβδομηκοντάκις επτά συγχώρηση. Αυτός ήταν ο μεγάλος αμαρτωλός, όπως πίστευε, και ζητούσε διακαώς από τον Θεό το έλεος και την συγχώρηση των αμαρτιών του.

Καλλιεργώντας την μετάνοια διάβαζε συχνά τον Μεγάλο Κανόνα, τον οποίο έμαθε απ’ έξω. Επίσης του άρεσε και τον βοηθούσε στην μετάνοια η προσευχή του Μανασσή (Μέγα Απόδειπνο). Όταν την έλεγε με πνεύμα συντετριμμένο και ψυχή ταπεινωμένη, γονάτιζε, κολλούσε στο έδαφος, ισοπεδώνετο.

Το πόση βαρύτητα έδινε ο Γέροντας στην συντριβή και την μετάνοια, που την θεωρούσε ως το κυριώτερο έργο του μοναχού, φαίνεται και από το εξής χωρίο που είχε γράψει με μολύβι στον τοίχο του μικρού του καλυβιού στην Σκήτη των Ιβήρων: «Και ποία μελέτη υπάρχει ανωτέρα της μελέτης του κλαυθμού; Και ευκαιρεί ο μοναχός από τον κλαυθμόν;» (Αβ. Ισαάκ).

Όταν είχε θεία Λειτουργία στο Καλύβι του, πριν να κοινωνήση γονάτιζε και ζητούσε από τον ιερέα να του διαβάση συγχωρητική ευχή. Παρέμενε με το κεφάλι κολλημένο στο έδαφος, ενώ του ξέφευγαν βαθείς καρδιακοί αναστεναγμοί.

Στο κοινωνικό έψαλλε κάποτε και το «Πάντων προστατεύεις αγαθή…». Η φωνή του έτρεμε από κατάνυξη. Έβγαινε από τα βάθη της υπάρξεώς του, λες και ξεριζωνόταν η καρδιά του. Όταν έφθασε στο «άλλην γαρ ουκ έχομεν αμαρτωλοί προς Θεόν…», δεν άντεξε. Ξέσπασε σε λυγμούς. Ματαίως προσπάθησε να κρύψη την κατάνυξή του, βγαίνοντας από την Εκκλησία και προσποιούμενος ότι σκουπίζει την μύτη του.

Κληρικός προσκυνητής παραβρέθηκε σε αγρυπνία στην Ι. Μονή Σταυρονικήτα. Εντυπωσιάσθηκε από κάποιον μοναχό που καθόταν στο διπλανό στασίδι και σε όλη την αγρυπνία έκλαιγε ασταμάτητα. Προσπαθούσε να μη γίνη αντιληπτός, αλλά δεν τα κατάφερε. Ρώτησε και έμαθε ότι ο μοναχός ήταν ο π. Παΐσιος.

Για τα δάκρυα έλεγε: «Υπάρχουν πολλών ειδών δάκρυα. Τα δάκρυα της μετανοίας είναι σίγουρα, διότι καθαρίζουν τις αμαρτίες και έχουν μισθό πνευματικό, αλλά εξαντλούν τον οργανισμό. Υπάρχουν και αθόρυβα δάκρυα που δεν φαίνονται. Και ένας αναστεναγμός πολλές φορές είναι ανώτερος από ένα φλυτζάνι ή και από ένα κουβά δάκρυα».